Badan Permusyawaratan Desa merupakan lembaga perwujudan demokrasi dalam penyelenggaraan pemerintahan desa. Anggota BPD adalah wakil dari penduduk desa bersangkutan berdasarkan keterwakilan wilayah yang ditetapkan dengan cara musywarah dan mufakat. Anggota BPD dapat terdiri dari ketua rukun warga, pemangku adat, golongan profesi, pemuka agaman, dan tokoh ataupun pemuka masyarakat lainnya.
Struktur organisasi Badan Permusyawaratan Desa Punggur Kapuas menurut Peraturan Daerah Kabupaten Kubu Raya Nomor 10 Tahun 2015 tentang Badan Permusyawaratan Desa. Masa jabatan anggota BPD adalah enam (6) tahun dan dapat diangkat/diusulkan kembali untuk satu (1) kali masa jabatan berikutnya. Pimpinan dan Anggota BPD tidak diperbolehkan merangkap jabatan sebagai Kepala Desa dan Perangkat Desa. Adapun susunan organisasi Badan Permusyawaratan Desa adalah sebagai berikut:
Ketua
Samiun
Wakil ketua Sekretaris
M.Tahir Heri Setiawan
Anggota Anggota
Habibi Erjoyo
Anggota Anggota
Herkulanus Yusuf Linus